Еще в молодости Петр высказывал главе русского духовенства свои пожелания о поднятии уровня грамотности и просвещения среди духовенства, об организации школ. Но патриарх чуждался новшеств иничего не предпринимал в указанном царем направлении. Очень сильные трения возникли по поводу брадобрития, но Петр твердостоял на своем и вел себя по отношению к главе духовенства так,что тот счел за лучшее удалиться. С каждым годом недовольство Петра духовенством все усиливалось, так что даже привык большую часть своих неудач и затруднений во внутренних делах приписывать тайному, но упорному противодействию духовенства. В 1700 году после смерти патриарха Адриана блюстителем и управителем патриаршего престола был назначен митрополит рязанский имуромский Явроский, сочувствовавший реформам. Ему были порученытолько дела веры, а все остальные дела, находившиеся в ведениипатриарха были распределены по приказам. В 1701 году был восстановлен монастырский приказ, в ведении которого отошли патриаршийдвор, архиерейские дома, монастырские земли и хозяйства. Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства. Особой чистке подверглись монастыри. Имзапрещалось владеть вотчинами и угодьями. Жить они должны были засчет своего труда. Также был издан указ, запрещающий просить иподавать милостыню, но он встретил очень сильный протест и непослушание. Особым указом 1718 года предписывалось православным обывателям неприменно посещать церкви и в храмах стоять с благочестием и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф,взимаемый тут же.
25 января 1721 года Петр подписал манифест об установлении святейшего синода и 14 февраля произошло торжественное открытие нового управления церковью. Состав святейшего синода определялсяпо регламенту в 12 «правительствующих особ», из которых 3 неприменно должны были носить сан архиерея. Президентом синода был назначен митрополит Стефан. Синодским указом 1722 года были установлены определенные штаты духовенства, как бы замкнув этим духовное сословие в нем самом. В конце января 1724 года Петр опубликовал знаменитый указ озвании монашеском, об определении в монастыри отставных солдат иоб учреждении семинарий и госпиталей. Но через год Петра не стало и этот указ его не успел войти в жизнь со всей полнотой, какхотел того преобразователь.
При Петре духовенство стало превращаться в такое же сословие,имеющее свои права и обязанности, как шляхетство и горожане. Врезультате духовных реформ Петра святейшему синоду теперь стало нена что опереться духовенство разгромлено и поставлено в положение слуг правительства, связанных исходящими от него распоряжениями.