В сентябре 1905 года И.Г. Бубнов выступил с предложением о замене бензиномоторов на двигатели Дизеля. Предложение было принято. В начале ноября 1905 года начальник Балтийского завода ходатайствовал о выдаче наряда на постройку подводной лодки, который и был выдан в феврале 1906 года, но без обеспечения финансирования. В апреле 1906 года на постройку двух подводных лодок «Минога» и «Акула» было отпущено 200 тыс. рублей, поэтому строительство подводной лодки «Акула» не было начато и почти весь 1906 год ушел на переговоры с поставщиками оборудования. На подводной лодке «Акула» предполагалось устанавливать двигатели Дизеля мощностью 300 л.с. Такие двигатели изготавливались «Соединенными машиностроительными заводами Аугсбург-Нюренберг» для французских подводных лодок. Завод «Л. Нобель» взялся за изготовление таких же двигателей по более низкой цене, поэтому предпочтение было отдано русскому заводу. В августе 1906 года начальник Балтийского завода предложил строить подлодку «Акула» всецело на ответственность завода по предложенным им техническим условиям. Согласие на постройку последовало в декабре 1906 года. В январе 1907 года были выданы заказы на три двигателя Дизеля заводу «Л. Нобель» и на поставку аккумуляторной батареи заводу «Мэто» в Париже.
Главная задержка в постройке лодки объяснялась поздней поставкой двигателей Дизеля, которые были изготовлены и испытаны лишь в марте 1909 года. Спуск подводной лодки на воду состоялся 22 августа 1909 года и в октябре 1909 года подводная лодка ушла в Бьерке-Зунд для предварительных заводских испытаний. При испытаниях выяснилась необходимость увеличения мощности гребного электромотора с 225 л.с. до 300 л.с. , установки волнорезных щитов на подводные минные (торпедные) аппараты, а также замены гребных винтов. 20 мая 1910 года «Акула» была введена в док в Кронштадте, где и были выполнены эти переделки.
В конце июля 1910 года «Акула» вновь ходила в Бьерке на испытания, где выяснилась полная непригодность новых гребных винтов, изготовленных фирмой Цейзе. В августе «Акула» снова встала в док, где новые винты были заменены на старые, с которыми и завершили подготовительные испытания, за исключением стрельбы минами, которых в наличии не было.
20 октября «Акула» вышла из Петербурга в Ревель. В Морском канале перескочили через затонувшую баржу, причем серьезно повредили правый винт, погнули ограждение среднего винта и сожгли мотылевый подшипник левого дизеля, вследствие чего дошли до Ревеля под одним средним дизель-мотором. Поэтому испытания пришлось перенести на 1911 год. В марте 1911 года на «Акуле» в Ревельском плавучем доке был установлен третий комплект винтов, после чего приступили к сдаточным испытаниям. Для замены лопнувшей фундаментной рамы у дизеля левого борта «Акула» возвраща лась в Петербург и в начале августа снова пришла в Ревель, где в сентябре закончила испытания.
Скорость подводной лодки «Акула» не достигла предполагаемых проектных величин:
— надводная скорость вместо 16 узлов была 11,5 узлов;
— подводная скорость вместо 7 узлов составила 6,5 узлов.
Ввиду невозможности увеличения скоростей подводная лодка «Акула» была принята в казну и зачислена в состав действующего флота. Первым командиром подводной лодки «Акула» был старший лейтенант С. В. Власьев.
Подводная лодка «Акула» представляла собой окончательно сформировавшийся тип «русской» подводной лодки — однокорпусная с размещением главного балласта в оконечностях и послужила прототипом для последующих подводных лодок конструкции И.Г. Бубнова типов «Морж» и «Барс».
Участвовала в 1-й мировой войне. Совершила 16 боевых выходов. 14-15 октября 1914 года совместно с подводными лодками «Е-1» и «Е-9» прикрывала постановку минного заграждения крейсерами «Рюрик», «Адмирал Макаров» и минным заградителем «Енисей» к западу от острова Борнхольм. «Акула» была первой отечественной подводной лодкой, применившей метод поиска противника в море, до этого подводные лодки ожидали противника на определенных позициях. В ноябре 1915 года на подводной лодке «Акула» на палубе надстройки позади рубки были установлены палубные крепления для 4 мин заграждения. 27 ноября того же года «Акула» под командованием капитана 2 ранга Н.А. Гудима вышла в 17-й поход к Мемелю, предполагая поставить там мины. Из похода лодка не вернулась. Причины и место гибели лодки остались неизвестными.